袁崇焕看着滚落脚边的毛文龙那死不瞑目的头颅，冷冷道：“你道本部院是个书生，本部院却是个将首”。
“大帅，这些毛文龙的党羽如何处置？！”刀斧手们问道。
袁崇焕看了看席间被擒下的毛承禄、陈继盛、耿仲明、尚可喜、陈光福、苏有功等，冷冷问道：“你们认为本部院杀毛文龙，杀得该，还是不该？”
“……”众将一时半会儿，都不知如何回话。
“毛文龙桀骜不逊、不遵帅令，自然该死”，袁崇焕自问自答道，“不过，诸位都是辽东好儿郎，何不追随本部院，讨一个更好的前程呢？难不成，非要跟毛文龙一样，落个身首异处不可？”
“末将等，愿意追随部堂大人”，尚可喜第一个出声。耿仲明、陈光福、苏有功也出声附和。最后，毛承禄、陈继盛也默然点头，伏地乞降了。
看到皮岛诸将纷纷归附，袁崇焕笑道：“这就对了嘛，毛文龙是毛文龙，你们是你们，本部院对事不对人，起来吧，跟本部堂一起离岛吧。本部院对你们，另有重用”。
众将知道，袁崇焕这是将他们扣作人质了，防止他们煽动皮岛兵卒作乱，同时，也是防止他们聚众投靠近在咫尺的女真人，而且，有他们在手中，皮岛上上下下，也有顾忌，不会因为袁崇焕杀了毛文龙，而一怒之下，将袁崇焕乱刀分尸在这岛中。看来，不等到袁崇焕将皮岛兵卒编制打乱，另遣总兵过来接收，他们是回不到皮岛了。
等袁崇焕在毛承禄、陈继盛、耿仲明、尚可喜、陈光福、苏有功等的“陪同”下，一起来到码头，登船离岛后，孔有德才知道，原来毛文龙已经被袁崇焕杀死了。
孔有德冲到总镇府，看着毛文龙的无头尸，正伏于杯盘狼藉的地板上，鲜红的血渍尚未凝固，孔有德跪地，几乎痛不欲生，哀嚎道：“总镇大人！”毛文龙对孔有德有知遇之恩，孔有德对毛文龙感情极深，历史上，在多年以后，孔有德已经贵为清朝的“定南王”了，但只要提起毛文龙，孔有德都会肃然起敬，称毛文龙为“大将军”，并浊泪横流，可见其对毛文龙感情之深。此时此刻，总镇府中，孔有德痛哭流涕道：“总镇大人，您无罪而横受屠酷，末将誓要为你讨回一个公道！袁崇焕，你这个卑劣小人，老子诅咒你受尽千刀万剐之刑，不得好死！”
哭丧半晌后，孔有德来到总镇府外。此时，皮岛上下，皆已知道毛文龙被杀的消息了，而且，各营将佐，除了孔有德，几乎都被袁崇焕挟持走了，正是人心惶惶之际。
“覆巢之下焉有完卵？！毛总镇无罪而被加刑，袁崇焕又岂会再容我等？！与其留在皮岛，任人宰割，不如，改投他处，至少，有一条生路”，孔有德高声道。
“投往何处？”兵卒中，有人问道。
“不会是投女真金国吧？！”又有人小心翼翼问道。
“投往登、莱”，孔有德道，“咱们皮岛，很多物资，都从登、莱转运而来，本将曾前往登、莱多次，颇得登莱巡抚孙元化器重，现在，前往投他，他肯定会接纳的”。
“我等愿追随将军，前往登莱！”部分兵卒高呼道。主要是“孔子营”的弟兄，至于其他兵卒，则仍然犹犹豫豫的，毕竟他们群龙无首，一时半会儿，还真不知如何是好。
于是，孔有德领着“孔子营”以及部分愿意追随他的其他营的兵卒，厚葬毛文龙无头尸后，打点、收拾好东西，乘船，离开了皮岛。
数日后，袁崇焕派遣心腹黄龙继任皮岛总兵，全权接管皮岛，而以心腹刘兴祚为副总兵，辅佐之。黄龙、刘兴祚将皮岛的各营打乱，重新编制行伍。等到皮岛基本上被控制下来了，才将陈继盛、毛承禄、耿仲明、尚可喜等放回。只是此时此刻，皮岛物是人非，他们自然也掀不起风浪了。
陈继盛与毛承禄，继续留在皮岛，做几乎被架空了的副总兵。尚可喜则投靠了新任皮岛总兵黄龙，获得了黄龙的器重，被提拔为副将，替黄龙拉拢毛文龙旧部。至于耿仲明，因为与孔有德乃是生死兄弟，于是，他被袁崇焕释放后，在孔有德的招呼下，振臂一呼，带着部分愿意追随他的旧部，从海路出发，也投靠登莱去了。
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皮岛兵变，尘埃落地时，袁崇焕的奏疏，也送抵了京师。
“毛总兵文龙，非臣所得擅诛，便宜专杀，席藁待罪，惟皇上斧钺之，天下是非之而已”，御书房里，崇祯帝看着袁崇焕那封先斩后奏的奏疏，气得手都颤抖了起来。擅诛，岂是人臣该为的？！崇祯帝将袁崇焕的请罪疏撕了个稀巴烂，口中咒骂道：“擅诛封疆武臣，袁崇焕，你也太胆大妄为了，眼里，还有没有朕这个皇帝？！朕，真该将你凌迟杀死！”
御书房里，王承恩、曹化淳、高起潜伏地不语，三人都不知该如何是好。
发泄完了，崇祯无奈道：“拟旨吧”。
“是，陛下”，王承恩取出笔墨纸砚，静候着皇帝的上谕，心中暗忖：袁崇焕啊，袁崇焕，看来，你要倒大霉了。对于曾经以红夷大炮轰伤努尔哈赤的袁崇焕，王承恩印象深刻，心中，还是不愿他被皇帝拿下，不过，那袁崇焕确实也太大胆了些，竟然擅诛总兵，真不知皇帝会如何发落他。
“尔兵部左侍郎、总督蓟辽军务兼理粮饷袁崇焕：来疏，朕已亲览。毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，跋扈叵测，犄角无资，掣肘兼碍。卿能周虑猝图声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照敕谕行，仍听相机行。特加封尔为兵部尚书，督师辽东，明以烛之，公以行之，懋修而不懈，尚有显爵，以待尔成。钦哉”。
“？”王承恩简直不敢相信自个儿的耳朵，袁崇焕杀了毛文龙，竟然不仅没被加罪，反而被加封为兵部尚书、辽东督师。不过，一会儿，王承恩便想明白了，杀都杀了，说啥也没用了，毛文龙再厉害，再有用，他的头，也是接不回去了的。既然“海外长城”已然倒了，皇帝自然不得不更加依赖于坐镇山海关、宁远的袁崇焕这个“陆上长城”了。皮岛算是完了，完了，便完了吧，但山、宁，则决不可失。