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第四使徒的再次失踪成了NERV的巨大问题，在之前的战斗之中，也看到了第四使徒拥有了第五使徒昼天使的高热器官。这说明第四使徒拥有吞噬其他使徒进化的能力
那么现在第四使徒吞噬了第五使徒和第三使徒之后，目前的表现上来看，拥有了高热器官，那么这次回去之后大概拥有的就是强再生能力了吧
不过第四使徒本身的再生能力似乎就已经足够强了，或许第三使徒水天使还有什么不为人知的能力，然而不为人知的话，也就无从推测
三台EVA被运送回到NERV总部，满脸都是怒气的明日香、微微有些尴尬的真嗣、面无表情的丽从EVA下来，来到等待他们的美里面前
“你们已经做得很好了，将战术布置完全达成”
“但是没有干掉那个东西！那不就全都白费了吗！？”
“已经可以了吗？”
“是我的托了大家后腿”
美里的劝慰并没有得到三个孩子的认可，孩子也有自己的想法。明日香无论如何不能接受自己的表现不够好，真嗣现在是什么都无所谓，并且有些害怕被批评，丽表示自己作的还不够好
美里在面对这仨孩子的时候也是脑袋有些大，这三个都是问题儿童，从问题儿童过来的美里最清楚这个年纪的青少年的巨大问题，但她更清楚的是不好搞定
挠了挠头发，美里挥挥手，“多余的话不需要多少了，你们只是驾驶员，按照我们制定的作战计划完美执行已经足够。你们做到了你们该做的，但是没有干掉敌人，那是我们的失误。所以现在··去休息一下吧”
“怎么能做到这样子就去休息啊！我申请出击追捕第四使徒！”
明日香不依不饶，然而有人能治得了她
“不要耍脾气了~，现在缺少水下作战装备，已经正在赶制。所以先休息一下，不久的将来就可以看到明日香小姐精彩的表现了”
“加持桑~”，明日香看到在上方走廊的加持良治，高兴之余还有不爽，“嘛~既然这样的话，我就勉为其难的答应吧，都是装备的问题，哼~”
搞定了明日香，真嗣有些担忧的问道：“真的没问题吗？葛城小姐”
“嗯~，让你担心了，安心吧，我们会很快拿出干掉第四使徒的方案，要相信大人的能力啊”
“那个··”
“嗯？怎么了？”
“不~没什么”
真嗣想起来在最后的战斗，那个第四使徒拿起真正的步枪之后，并没有朝着EVA开火，而是打在了无人建筑上，那个使徒给真嗣的感觉很微妙
但是这种东西真嗣知道不能和其他人说，所以欲言又止，最后直接离开。丽也对美里点点头，跟在真嗣背后一起离开了。然而三个孩子不知道的是，此时的办公室里已经吵得不可开交，也算不上吵嚷，就是太激烈了点
能在NERV工作的，大部分都是有着一颗热爱世界的心，并且在神秘学和使徒方面有一定研究的人。这群人大部分都和SEELE组织有关，当然关系不大，最多全是外围成员
世界最重要也是最神秘的组织，没有之一。这个组织最初是由雅利安人建立的，而且当权者之中一直都存在雅利安人。原作里的那个老年士兵76，就是雅利安人，被元首评价为最完美民族的这么个民族
这个组织在EVA世界里活跃在整个人类历史之中，反正是一个非常非常厉害的组织。而且这个组织在第二次冲击之后把已经被激活的亚当还原成了胎盘，并且未知年代以前他们就发现了日本地下的那个被封印的莉莉丝
EVA之中的朗基努斯之枪，还有莉莉丝的封印都不是现有纪元人类做的，包括第三新东京市的地下空间，都不是本纪元人类的工程，而这些非本纪元历史文物之中，最重要一个东西，名为
死海文书
SEELE就是以研究死海文书起家的，这个组织在EVA的现代社会里，常人基本上不会知道他们的存在。这个组织的外围组织里的成员构成，基本上都是国家政要、世界级科学家考古学家、世界级冒险家，都是这样的人，没点能耐根本进不去
当然这个并不是核心层，这个组织的核心只有十二个人，就是人类补全委员会，后来碇源堂成为了第十三人。大家知道13这个数字在基督教里的象征意义非常不好，所以碇源堂一定是个二五仔
原作之中男主角碇真嗣的母亲碇唯就是外围组织的成员之一，并不是核心，只是科学组的一员。还有就是赤木律子的母亲赤木直子，也是其中之一
这个组织保有很多超越当前世界等级的黑科技，可能是来源于组织对于上个纪元历史考察获得的，当然真相谁也不知道，也没有人太在乎
碇源堂，本名六分仪源堂，他是一个非常有冒险精神的人。闲不住，文化水平一般，这种人就是很容易搞出一些事情来，但是见多识广、能力非凡，在一次偶然之中，六分仪源堂得知了SEELE组织的存在
于是这个家伙就开始了自己作死行为，他多方打探SEELE组织的情况，这要是放在什么悬疑故事里面，这位应该是是某一集的背景板，死掉的那个人，但这是EVA世界
SEELE组织并不在意有人调查他们，前面说了，这个组织的核心成员打探不到，外围成员一定要是能人！那么如何鉴定才能？简单，组织成员的邀请，这是组织内部成员承认你的才能。第二种就是自己调查出SEELE组织的情况或者成员
六分仪源堂就做到了这一点，他调查到了碇唯和这个组织有关，然后开始接近碇唯。碇唯是一个非常厉害的科学家，但是长期生活在科研工作中，她和六分仪源堂这种人是两个世界的存在，有着很大的好奇
而六分仪源堂在逐渐接近碇唯的过程中，也慢慢的被这位美丽又智慧又贤淑的女科学家吸引了，于是两人迅速的坠入了爱河。然而当六分仪源堂说出他接近碇唯的目的是为了SEELE组织的时候，碇唯宣布他已经可以成为组织的一员了，他的才能得到了认可
六分仪源堂在年轻的时候只是个混子，他在社会上都没有多少人认同他，但是在SEELE组织里，他找到了自己生存的目标，并且得到了最大的自我实现
这种情况下两人迅速的结婚，然后成为了一对儿工作搭档，改名为碇源堂的六分仪源堂成为了SEELE外围组织的一名探险家，并因为胆大心细获得了相当高的声望
碇唯本身就是备受组织期望的科学家，碇唯所在的家族，在很久以前曾经出过核心十二人这种层次的存在，是非常牛逼的家族
夫妻俩在外围组织里都是备受瞩目的存在，然后就出现了第二次冲击。第二次冲击之中，的前身GEHIRN迅速被建立，碇源堂在2003年他以一个执行所长的身份加入了GEHIRN，他是一个非常不错的领导人员
他在这个时期和他的妻子碇唯，一起工作，开发EVA。在碇唯死后，他也得到了升职，然后和他后来的相好赤木直子，主持开发Migi超算电脑
碇源堂并不负责具体事务，他是统筹和管理人员。零号机和初号机的制作都是他和碇唯操持的，在这个时期，碇源堂还不是一个幕后boss，他甚至没有接触SEELE组织核心，而且只是出于好奇开始初步研究死海文书
这个时候他把冬月副司令，那个时候还是冬月教授给拉到了GEHIRN里，作为他们项目组的指导人，也是整个部门的科研boss
之后就是真嗣四岁的时候，2005年，基于零号机开发经验制作的初号机制作完毕。在初号机上，碇唯调整了操作系统，希望以成人为操作员驾驭EVA
这个在当时是不成熟的想法，因为对AT立场的研究表明，这是一种精神力量通过S2机关转化为物理能量的立场。这么一个东西就是越偏执杂念越少的人就越强大，理论上来说婴儿最厉害
但婴儿不可能操控得了这玩意，儿童也不行，而成人因为杂念过多也不行，所以那个时候选择的战斗人员就已经锁定了，十二至十六岁的少年，最多最多不能超过十八岁，而且从十岁左右就要开始训练了
碇唯就不信这个邪，她想要依靠自己的力量来扭转这样的一个情况，毕竟是和使徒的战争，交给成年人来就可以了。碇源堂这个时候是支持妻子的，然后就出了大事
碇唯的操作系统和她想要保护孩子的想法，的确和EVA达成了一致，同步率超过了百分之百，碇唯被量子化消失融入了初号机中，这就是初号机没电就无敌和护子狂魔的真正原因
而在妻子因为这个研究消失之后，碇源堂陷入了魔障。因为碇唯的想法和行为，在其他人那边包括冬月副司令那边都不是太同意，因为大家都觉得不可能，但是碇源堂同意了
他是个不墨守成规并且非常胆大的人，也正是这份心和这份支持，媳妇没了，然后一下子他就懵逼了。碇源堂疯魔了，他开始疯狂的研究死海文书，并且破解了很多东西，再把工作当做第一位，疯狂工作，忘却悲痛
疯狂工作带来了迅速的升职，在升职的过程中，他和冬月耕造达成了秘密共识，决定复活碇唯，这就是绫波丽的来历。但是他结合死海文书添加了一些私货，绫波丽的实际灵魂是莉莉丝的灵魂
这件事连冬月耕造都不清楚，而碇源堂之所以这么做，就是因为他发现碇唯的灵魂在初号机内，那如果没有灵魂的话，复活的也就不可能是他的妻子
另一方面出于利用，他和赤木直子有身体关系，在绫波丽的第一个人造人培养成功之后，他指使绫波丽一号对赤木直子说了原作里的那番话，利用赤木直子的心里问题杀死了这个女人
因为在死海文书方面的研究贡献，逐渐被SEELE组织核心承认，终于在E核心扩大到13人，第十三人就是碇源堂
然后在SEELE的支持下，碇源堂成为了联合国日本代表，发表了一部分死海文书研究成果，提出日本战场计划，成立NERV组织正式对抗使徒，新组织由碇源堂作为司令
至此，碇源堂把一切复活妻子··并且和妻子一起永生的这个计划的准备条件布置完毕。从一开始，碇源堂所作的人类补全计划就和SEELE没有一毛钱关系，他的目的，只是为了再次见到碇唯
然而他忽略了一个问题，他最爱的是碇唯，他为了弥补他自认为自己的错误要复活妻子。却忘记了，当年二人的孩子出生之后，二人那发自内心的喜悦，碇唯也爱他，但碇唯更爱自己的儿子
所以在第三次冲击引动之后，碇唯阻止了人类补全，救下了真嗣和明日香，延续了这个世界
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